一、原料质量控制

有机肥料原料的好坏，直接影响产品的质量。不同原料中有机质和其他养分的含量差别很大，例如同样是鸡粪，蛋鸡粪便的养分含量远高于肉鸡，这是由于蛋鸡和肉鸡的养殖方式不同。畜禽粪便中，猪粪的养分含量高于牛粪，鸡粪的养分含量高于猪粪。

不同的有机肥原料的形成过程决定了其养分含量的差异，如作物秸秆有机质含量丰富，但氮、磷、钾含量相对较低；人的粪便氮含量较高，且容易分解；鸡、猪、牛粪便的养分含量一方面受畜禽吸收的影响，另一方面受饲料成分的影响。在收购有机肥料原料时，尽量收购氮、磷、钾养分含量高的原料。

在有机肥料原料产生和收购过程中容易混入各种杂质，如鸡粪在堆积过程中不可避免地混入土，垫圈过程中各自垫圈料也会对其产生影响，这些在一定程度上降低了粪便的养分含量。因此，在收购原料时尽量选杂质少的原料，并引导养殖户改加对粪便养分含量影响较小的垫料，如草炭、稻壳粉、过磷酸钙等，尽量少加垫料。

由于垃圾、污泥等城市废物中含有较高的有机质和氮、磷、钾等养分，所以也可用于加工有机肥料，只是需要监控这些有机废物含有的有害物质。随着肥料法规的健全，国家也加强了对肥料产品中重金属、放射性、微生物病菌等有害物质的检查。